Deben ir alineados uo del otro, pero que te duela el cuello es normal si eres novato o has cambiado de bici, postura...
No estoy de acuerdo del todo... puede ir mas alto el sillín, de hecho en xc-rally casi todo el mundo lo lleva así.... sin embargo para una postura mas relajada si q puede ir a la misma altura o levantando el manillar hasta q remitan las molestias... Yo por ej, llevo el sillin 5'5 cms mas alto q el manillar para una postura mas aerodinámica q no me resta comodidad ni manajabilidad. El problema de nuestro amigo quizá esté en q lleva una mirada demasiado alta extendiendo demasiado el cuello, por lo que lo puede estar forzando. Estudia esta posibilidad e intenta mirar no mas alla de 6 o 7 metros por delante de ti.
Ojo con esto último que tiene mucha razón, sobre todo cuando vas rápido, bajadas y en llano seguro que te dolerá más debido a que además del esfuerzo físico, haces otro con el cuello para tomar postura aerodinámica y poder ver a una distancia larga (vas rápido y debes anticiparte a cualquier jugada), ojo tb con la bisera del casco, ¿parece tonto verdad?, la visera en estas posiciones te hace que fuerces más el cuello para poder ver mejor, quitasela y prueba, ya verás como es más cómodo.